I controlli di AQP SPA sono eseguiti all'ingresso ed all'uscita del potabilizzatore di Missanello (PZ). Le analisi dei parametri minimi di base sono eseguite con frequenza giornaliera e più volte al giorno. Mentre quelle complete, che comprendono anche i metalli pesanti, IPA, idrocarburi e tossine algali, sono eseguite con la cadenza di due volte a settimana, sempre all'ingresso ed all'uscita del suddetto potabilizzatore.
In ingresso all'impianto di potabilizzazione è posizionato, inoltre, un analizzatore in continuo per la rilevazione delle alghe microcellulari, mentre all'uscita dello stesso potabilizzatore è posizionato un analizzatore in continuo per la rilevazione di oli ed IPA. Nel 2016 l'AQP SPA ha eseguito 481.861 analisi su 25.664 campioni tutte le acque potabili distribuite, comprese quelle derivanti dalla diga del Pertusillo. Tutti i controlli e le relative analisi sono eseguite da un sistema di laboratori AQP SPA situati a Bari, Foggia, Taranto, Lecce e Brindisi, nonchè, presso gli impianti di potabilizzazione del Fortore, del Locone, del Sinni, del Pertusillo e di Conza. I dati di AQP SPA sono regolarmente pubblicati sul sito internet della società.

Dalle risultanze rilevate dai vari soggetti preposti alla verifica e controllo della qualità delle acque e della sua potabilità, emerge che non ci sono rischi per la salute delle persone e che l'acqua distribuita è potabile. In ogni caso- termina l’assessore Giannini- oltre ai costanti e continui controlli di routine degli enti competenti -che saranno comunque intensificati- la Regione Puglia e la Regione Basilicata, in un’ ottica di reciproca collaborazione ed a tutela e nell'interesse precipuo dei cittadini, avvieranno un piano di controlli ed analisi eseguiti da Soggetti Pubblici terzi (Istituto Superiore della Sanità, Istituto zooprofilattico, ecc...) al fine di integrare i dati già acquisiti. Il programma durerà almeno un anno producendo riscontri già nei primi mesi e interesserà gli invasi pugliesi del Fortore e del Locone e quello lucano del Pertusillo.