L’annuncio della riconversione dell’Ospedale Ninetto Melli, prevista dal riordino ospedaliero, ha  portato i cittadini alla protesta sia nel comune di San Pietro Vernotico che davanti agli uffici della Regione a Bari. I cittadini hanno ricordato infatti come la proprietà del Ninetto Melli sia della cittadinanza del comune di San Pietro Vernotico, come sancito dal testamento fatto da Federico Melli che lasciò tutti i suoi averi per la realizzazione di un ospedale per la cittadinanza di San Pietro Vernotico, intitolato a nome del Figlio Ninetto. Nel 1965 l'Azienda ha poi beneficiato di un nuovo cospicuo lascito da parte di Pasquale De Marco. 
Dal SISU(Sistema Informativo Unificato per le Soprintendenze Archivistiche) emerge che la gestione comunale dei beni di Federico Melli fu gestita dalla Fondazione Ninetto Melli, istituita allo scopo di eseguire le volontà testamentarie dell'oblatore; la gestione dell'Ente era affidata ad un Consiglio di amministrazione composto da cinque membri, alla cui designazione concorrevano il Consiglio comunale, l'Ente comunale di assistenza, l'Opera nazionale maternità e infanzia e la Camera del lavoro.
“Nel corso degli anni – dichiarano il capogruppo M5S Antonio Trevisi ed il consigliere M5S brindisino Gianluca Bozzetti - l'Azienda ha registrato un continuo incremento del fatturato annuo, arrestato solo con la consegna dei beni e delle proprietà della Fondazione, all'Azienda unità sanitaria locale BR1, autorizzata dalla Regione Puglia con delibera di Giunta n. 9141 del 12 dicembre 1997. Al fine di chiarire la situazione, ho richiesto un accesso agli atti sulla delibera per capire cosa sia avvenuto nel‘97, anche alla luce della lettera inviata al Sindaco di San Pietro Vernotico alla stazione dei carabinieri e della Guardia di finanza del comune, redatta da Rolando Leone, “ultimo testimone e padre vivente del consiglio di amministrazione della fondazione Melli istituita nel 1959” che nella lettera richiede: "Perché l'eredità Melli non è nella piena disponibilità della cittadinanza?".